星盟的飛船追殺而至，秋之墩號和士官長被迫分別登陸4號光環(huán)。光環(huán)上的實驗室中有一些當(dāng)年先行者抓來做研究的洪魔，光環(huán)發(fā)動時因為身處其中反而逃過一劫。先行者在各個光環(huán)上派駐了會飛的人工智能——引導(dǎo)者，其使命是防止除回收者（人類或先行者）外的生物進(jìn)入光環(huán)釋放洪魔，并防止洪魔脫逃，如果洪魔已經(jīng)逃出，為防止更大范圍的感染，引導(dǎo)者要找到回收者，借助其身份開啟光環(huán)（只有回收者才能發(fā)動光環(huán)），消滅殺傷范圍中包括洪魔在內(nèi)的一切生命（一個光環(huán)的殺傷范圍約為七分之一個銀河系）。
秋之墩號的船長誤縱洪魔，感染了整個光環(huán)，為履行不讓洪魔外逃的職責(zé)，引導(dǎo)者343罪惡火花哄騙士官長開啟了光環(huán)，士官長發(fā)現(xiàn)被騙后悔不迭，于是費(fèi)盡心機(jī)破壞了幾個脈沖發(fā)射器，讓殺傷波無法放出。之后，為了防止洪魔擴(kuò)散到光環(huán)之外，士官長將4號光環(huán)炸毀。
光環(huán)2的情節(jié)緊接著光環(huán)1展開。士官長炸毀4號光環(huán)回到地球后，“悲愴先知”率星盟艦隊進(jìn)攻地球，最終被擊退，士官長尾隨其后，發(fā)現(xiàn)了5號光環(huán)----三角洲。士官長斬殺悲愴先知后，在星盟艦隊轟炸下失去知覺，為光環(huán)上的尸腦獸所擒（此尸腦獸是5號光環(huán)上的洪魔又聚合成的生物，與十萬年前的尸腦獸毫無關(guān)系）。三先知認(rèn)為先行者在方舟中啟動光環(huán)，除了殺滅銀河系生物外，另一個作用就是將自己傳送到先驅(qū)所在的“圣地”。為了踏上“朝圣之旅”，三先知欺騙了手下的各個種族（包括先知族），說開啟光環(huán)可以凈化全宇宙的生命，以利用他們尋找并占領(lǐng)各個光環(huán)和方舟。但被炸毀的4號光環(huán)的引導(dǎo)者----343罪惡火花從爆炸中逃了出來，將開啟光環(huán)會殺死銀河系所有生物的真相告知了4號光環(huán)附近的星盟駐軍，駐軍遂叛。
三先知將一名精英族艦長改造成特種戰(zhàn)士（稱為神風(fēng)烈士），派其去鎮(zhèn)壓叛亂，被先知欺騙的神風(fēng)烈士擊斃叛軍首領(lǐng)后，又登上5號光環(huán)，尋找發(fā)動光環(huán)的鑰匙----“索引器”。在此期間，由于先知族一直戒備精英族，便借悲愴先知被殺之事指責(zé)精英族保護(hù)不力，并以此為由讓鬼面獸族替代精英族的軍事指揮地位。權(quán)力交替后，星盟七族對精英族展開滅族行動，神風(fēng)烈士找到索引器后，也被悄悄尾隨的先知心腹----鬼面獸首領(lǐng)塔塔羅斯暗算落崖（后被尸腦獸所救）。塔塔羅斯將索引器拿回博愛之城（由無畏號改裝的星盟主力艦），交給了真相先知。
尸腦獸不希望光環(huán)被發(fā)動（那樣它將沒有可感染的寄生體），于是空間傳送士官長到博愛之城，讓他斬殺二先知，同時遣手下的洪魔攻入博愛之城。等士官長到達(dá)時，蟲族已經(jīng)殺死憐憫先知，真相先知則已率艦隊趕往地球（進(jìn)入方舟的傳送門在地球上）。之后科塔娜留下引爆博愛之城，士官長遂去地球追殺真相先知，并留下科塔娜引爆博愛之城，但科塔娜被尸腦獸所擒，引爆失敗。
在傳送士官長到博愛之城時，尸腦獸也將神風(fēng)烈士送到光環(huán)的基地中，以阻止拿著索引器的塔塔羅斯開啟光環(huán)。雖然最終斬殺了塔塔羅斯，但其生前已經(jīng)啟動了光環(huán)。經(jīng)努力，神風(fēng)烈士讓5號光環(huán)進(jìn)入了待機(jī)狀態(tài)，但根據(jù)預(yù)設(shè)，某個光環(huán)待機(jī)后，將會自動向其它光環(huán)送出信號，遠(yuǎn)端發(fā)動其余光環(huán)。由于不知道其它光環(huán)的位置，想要阻止另五座光環(huán)發(fā)動，就必須到達(dá)七座光環(huán)的總控室——方舟。